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一、刺激生理代謝。腐植酸含有多種活性功能基因，可增強作物體內過氧化氫酶，多酚氧化酶的活性，刺激生理代謝，促進生長發育。如腐植酸能促使種子提早發芽，出苗率高，在低溫下尤為顯著;能刺激根系極端分生組織細胞的分裂與增長，使幼苗發根快，此生根多，根量增加，根系伸長，使作物吸收水分、養分能力增加。
二、改變化肥特性。腐植酸含有羧基，酚羥基等官能團，有較強的離子交換和吸附能力，能使碳銨減少銨態氮的損失，提高氮肥的利用率。經氧化降解的硝基腐植酸，可抑制尿酶活動，減少尿素揮發。降解的硝基腐植酸增加磷在土壤中移動的距離，抑制土壤對水溶性磷的固定，使速效磷轉化為遲效磷，促進根系對磷的吸收。腐植酸官能團可以吸收存儲鉀離子，使鉀肥緩慢分解，增加鉀的釋放量，提高速效鉀的含量。腐植酸與難溶性微量元素可以發生鰲合反應，生成溶解性好可被作物吸收的腐植酸微量元素鰲合物，從而有利于根系和葉面吸收微量元素。
三、改良土壤結構。腐植酸可以促進土壤團粒結構的形成，調節土壤PH值，調節土壤水、肥、氣、熱狀況，提高土壤交換容量，達到酸堿平衡，提高土壤保水保肥能力，促進土壤微生物的活動，使好氣性的細菌、放線菌、纖維素分解菌的數量增加，加速有機物質的分解轉化，促進營養元素釋放，便于作物吸收營養。
四、增強抗逆特性。腐植酸能減少植物葉片氣孔張開強度，減少葉面蒸騰，從而降低耗水量，使植株體內水分狀況得到改善，保證作物在干旱條件下正常生長發育，增強抗旱性。腐植酸多為兩性膠體，表面活性大，對真菌有抑制作用，可增強作物坑寒性，易被細胞膜吸附，改變細胞膜參透性，促進無機養分的吸收，防止腐爛病、根腐病，減少病蟲害。
五、改善籽實質量。腐植酸可以與微量元素形成絡合物或鰲合物，增加微量元素從根部向葉部或其它部位運轉的數量，調節常量元素與微量元素的比例和平衡狀況，加強酶對糖分、淀粉、蛋白質、脂肪及各種維生素的合成運轉。可促進酶的活性，使多糖轉化為可溶性單糖，使淀粉、蛋白質、脂肪物質的合成積累增加，加速各種代謝的初級產物從莖葉或根系向果實、種子運轉，使果實豐滿、厚實。